乙方住院赔偿应包括医疗费等合理费用。依据《中华人民共和国民法典》相关规定，赔偿应涵盖医疗费、护理费等合理支出，并结合病历等证据确定。不及时处理可能导致赔偿纠纷，影响权益。
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分情况处理。具体操作：1.协商时，明确赔偿项目和金额，签订书面协议。2.诉讼时，收集医疗费等证据，起诉至法院。
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常见处理方式为协商或诉讼。双方可先协商，依据《民法典》达成赔偿协议；协商不成，可向法院提起诉讼，依据法律规定判决赔偿。