当民事纠纷案的法官误判后，可以申请院长再审。根据《民事诉讼法》的相关规定，院长在发现已生效的判决、裁定或调解书存在错误，并认为需要再审时，应提交给审判委员会讨论决定。这是对司法公正的重要保障。
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对于民事诉讼中的再审程序，除了法院主动再审，当事人也可申请再审。如果当事人发现判决有误，可以向上一级法院申请再审；如果是一审法院的院长发现本院的判决有误，则应按法定程序提交审判委员会讨论并决定是否再审。
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关于民事纠纷案法官误判后的再审申请，法院院长在发现错误并认为需要再审的情况下，会按照以下流程操作：1. 初步判断并确认错误；2. 提交给审判委员会进行讨论；3. 审判委员会将根据法定程序讨论并决定是否进行再审。以上流程依据《民事诉讼法》第一百九十八条的规定，以确保司法公正。